相比转子主动平衡，从轴承或电机角度进行电主轴振动主动控制更加复杂和困难。

    从轴承角度，采用调节轴承预紧或新型磁悬浮轴承可实现系统动态特性调节。技术人员采用压电叠堆作用于角接触球轴承外圈对主轴振动特性进行干预，基于线性二次型控制设计了反馈控制律，仿真证明了该方法在电主轴振动控制中效果明显。还有工作人员在传统磁悬浮电主轴零偏置电流控制基础上提出了基于多频率陷波器的不平衡抑制策略，实验证明了该方法能有效抑制转子同倍频振动。

    从电机角度，通过增加新绕组或主动阻尼器可产生附加电磁场以调节主轴系统振动特性。有专家提出了内置力执行器的砂轮-电主轴不平衡振动主动控制方案，通过在原电主轴定子中增加一组绕组形成双绕组无轴承感应电机，仿真和实验证明了该方案能有效提高铣削稳定区域并抑制颤振。有专家设计了电主轴用比例-微分控制线性电磁阻尼作动器，装于主轴刀具端，通过阻尼器附加磁场调节电主轴系统阻尼，以控制铣削过程中主轴颤振。